A igreja conventual apresenta alguns vestígios do período inicial mas recebeu importantes modificações entre os séculos XVII e XIX, sobretudo a nível do recheio. A Igreja da Ordem Terceira, edificada entre 1745-1747, foi recheada nas décadas seguintes com retábulos, púlpitos e sanefas de desenho rococó. 

Mais tarde, nos inícios do século XIX, foram acrescentados o cadeiral e o órgão de tubos, ambos de feição neoclássica. O museu foi constituído na década de 70 do século XX, com a criação do Instituto Limiano - Museu dos Terceiros. Em 2002 a Autarquia e o referido Instituto celebraram um protocolo para o restauro e gestão conjunta do espaço. Reabriu ao público em 2008, sendo uma referência na arte sacra do norte do país.